学院科研基础扎实，建院以来，主持国家重点研发计划专项项目、国家科技支撑计划项目等国家级重大、重点项目29项；获取科研经费5亿元，发表在JCR二区以上刊物论文近800篇，其中Science、Science子刊及Nature子刊论文6篇；产出了一批以阐明海洋酸化生理生态效应、揭示近海浮游植物群落结构演变、解析滨海湿地生态系统对全球变化的响应与反馈、羟基自由基生物污染防控技术等为代表的高质量成果。获国家技术发明奖二等奖、海洋科学技术奖一等奖等各级科研奖励13项；出版专著、论著30部。

牢固树立“顶天立地”和“服务国家发展与服务区域发展相统一”的意识。承担汀江、龙岩、浦城等多个市、县、区生态文明建设规划与方案编制项目，编制福建省“综合性生态保护补偿”实施方案，担任厦门市、福建省生态环保督查整改第三方监督评估组组长、副组长，融入地方生态文明建设。组织完成《中国红树林保护与恢复战略研究报告》，提出红树林保护修复的建议被自然资源部、国家林草局采纳，为国家《红树林保护修复专项行动计划》出台奠定基础，引领红树林保护与修复。助力改善和提升厦门市筼筜湖水质，指导建成厦门市下潭尾红树林湿地公园，获人民日报、央视等媒体多次报道，贡献生态治理“厦门经验”。研发食品安全检测新技术与新仪器，2016年以来累计检测农产品8000多份，研发的拉曼光谱剧高毒物检测技术与仪器应用于2017年厦门金砖会晤各国领导人食物安全保障。牵头制定《厦门市生态损害补偿标准》《厦门市生态环境准入清单》，设计“环保管家”综合服务模式，创新环境保护管理模式。开展生态扶贫，协助隆德县、受云南省马关县发展生态农业。面向政府部门和企事业单位开设生态文明建设培训班，已举办13期，学员近千人。普及绿色发展理念，举办“绿色营”18期，亲子活动及公益自然课55场，“自然讲坛”10期，指导“绿野协会”“中国红树林保育联盟”等公益组织，带动志愿者5000 余人，参与承办厦门国际海洋周海洋科学开放日活动，吸引公众30000多名。

目前，学院有近海海洋环境科学国家重点实验室、滨海湿地生态系统教育部重点实验室等国家和省部级科研平台8个，校级科研平台3个，同时，在72886必赢欢迎光临翔安校区具有福建省九市一区特色的“八闽园”内，建成滨海湿地全球变化研究温室群。这些平台已成为开展前沿创新性研究、促进学科交叉融合和高层次人才培养的重要支撑。牵头建设的72886必赢欢迎光临“漳江口红树林湿地生态系统野外科学观测研究站”（简称“漳江站”），已连续十余年为原位观测、长期研究红树林等典型海洋生态系统提供监测数据。2019年，漳江站与“东山海洋福建省野外科学观测研究站”联合获批为台湾海峡海洋生态系统教育部野外科学观测研究站，并于2020年入选国家级择优建设名单。

（数据截至2021年6月）